Unë kam mbledhur një koleksion mësimesh të dobishme, udhëzues dhe postime në blog që shërbejnë si një pikënisje e shkëlqyer për këdo që është i ri në fushën e bioinformatikës dhe i etur për të mësuar më shumë.
R
- Instalimi i R dhe RStudio: https://courses.edx.org/courses/UTAustinX/UT.7.01x/3T2014/56c5437b88fa43cf828bff5371c6a924/
- Udhëzimet bazë R:
- https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
- https://www.guru99.com/r-tutorial.html
- https://www.codecademy.com/learn/learn-r
- https://www.coursera.org/learn/r-programming
Python
- Python për shkencën e të dhënave gjenomike: https://www.coursera.org/learn/python-genomics
Linux
- Komandat bazë Linux: https://www.udemi.com/course/linux-command/
- Linux për fillestarët: https://ubuntu.com/tutorials/command-line-for-beginners#1-overview
- Për të instaluar Linux në një makinë Windows: https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
- Unix & Perl Primer për Biologët: http://korflab.ucdavis.edu/Unix_and_Perl/index.html
Bioinformatika
- Metodat e Bioinformatikës: https://www.coursera.org/learn/bioinformatics-methods-1 dhe https://www.coursera.org/learn/bioinformatics-methods-2
- Vizualizimi i të dhënave dhe Dashboarding me specializimin R: https://www.coursera.org/specializations/jhu-data-visualization-dashboarding-with-r#courses
- Specializimi i shkencës së të dhënave gjenomike: https://www.coursera.org/specializations/genomic-data-science#courses
- Mësoni bioinformatikën dhe programimin përmes zgjidhjes së problemeve: http://rosalind.info/problems/locations/
- Hyrje në Galaxy: https://www.melbournebioinformatics.org.au/tutorials/tutorials/galaxy_101/galaxy_101/
- https://www.bigbioinformatics.org/r-and-rnaseq-analysis
- https://www.biostarhandbook.com/
- Udhëzime interaktive të bioinformatikës — https://sandbox.bio/
- Shembuj të botës reale të Bioinformatikës dhe mësime të hollësishme — https://bioinformaticsworkbook.org/#gsc.tab=0
Punëtori/Projekte të Bioinformatikës për t'u përfshirë
- Trajnime për bioinformatikë me akses të hapur dhe mundësi projekti pa kosto — https://www.bioresnet.org/
- Punëtoritë e bioinformatikës — https://www.bigbioinformatics.org/
Biologjia dhe Statistikat
- Kurse biologjie të nivelit bazë të shkollës së mesme dhe të nivelit të avancuar: https://www.khanacademy.org/
- https://www.khanacademy.org/math/statistics-probability
Github (Kontrolli i zhvillimit dhe versionit)
- Hyrje në git dhe github: https://medium.com/the-underdog-writing-project/introduction-to-git-and-github-a5fdf5633923 & https://www.coursera.org/learn/introduction -git-github
- http://genomicsclass.github.io/book/
Blog/Video
- Fabrika e Gjenomit: http://thegenomefactory.blogspot.com/
- Blog ARN-Seq: http://www.rna-seqblog.com/
- Dave Tang: https://davetang.org/muse/
- StatQuest: https://www.youtube.com/c/joshstarmer/videos
- Ajo që po bëni është mjaft e dëshpëruar: https://feedly.com/i/subscription/feed%2Fhttp%3A%2F%2Fnsaunders.wordpress.com%2Ffeed%2F
Lidhjet e YouTube:
https://www.youtube.com/watch?v=GWO1UddLVcM&list=PLyplibAMBjJyxjE47wdBY6E7oITXIhmPI&pp=iAQB
https://www.youtube.com/watch?v=xbX49h7BiUU&list=PLJefJsd1yfhagnkss5B1YCsHaH0GWQfFT&pp=iAQB
Mësimi statistikor
- [Hyrje e shkëlqyer nga autorë të njohur](https://www.youtube.com/watch?v=5N9V07EIfIg&list=PLOg0ngHtcqbPTlZzRHA2ocQZqB1D_qZ5V)
Biologji kompjuterike
- [Kurse EMBL](https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/embo-practical-course-analysis-high-throughput- seq/shprehje-diferenciale-rna-seq)
Burimet e kodimit
Konceptet e përgjithshme
- [Codecademy](https://www.codecademy.com)
— [Mëso R](https://www.codecademy.com /learn/learn-r)
— [Mëso Python](https://www.codecademy.com/learn/learn-python-3)
Coursera
- [Coursera](https://coursera.org)
— [Mësimi me makinë për fillestarët](https://coursera.org/learn/ mësimi i makinës)
Blog dhe artikuj
Kuptimi i parashikimeve
- [Të kuptuarit e UMAP](https://pair-code.github.io/understanding-umap/)
- [Të kuptuarit e tSNE](https://distill.pub/ 2016/misread-tsne/)
Mjetet dhe shembujt
Analiza e shprehjeve diferenciale
- [Udhëzuesi i përdoruesit EdgeR](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf)
Analiza e një qelize të vetme
- [Seurat](https://satijalab.org/seurat/)
- [Udhëzues Scanpy](https://icb-scanpy .readthedocs-hosted.com/en/stable/tutorials.html)
Seminare dhe Blog në ueb
Seminare në internet
- [Instituti Zviceran i Bioinformatikës](https://www.youtube.com/playlist?list=PLoCxWrRWjqB1JUCntl4X09ezmOtKx1Gke)
Blog
- [Blogu i Darren Wilkinson](https://darrenjw.wordpress.com/2010/01/30/yet-another-introduction-to-r-and-bioconductor )
Learn R
- [Codecademy R Course](https://www.codecademy.com/learn/learn-r)
- [Swirl Stats](https ://swirlstats.com/students.html)
Mësoni Python
- [Mësoni bazat e Python](https://www.learnpython.org /en/Hello%2C_World%21)
- [Biopython me Coronavirus](https://github.com/chris-rands/biopython-coronavirus)
Burimet e linjës së komandës
- [Udhëzuesi fillestar për terminalin bash] (https://www.youtube.com/watch?v=oxuRxtrO2Ag)
Data Carpentry
- [Përmbledhje e Gjenomikës] (https://datacarpentry.org/genomics-workshop/)
Software Carpentry
- [R Intro](http://swcarpentry.github.io/r-novice-inflammation/)
Koleksione të përgjithshme
- [Shirley Liu STAT115](https://www.youtube.com/playlist?list=PLeB-Dlq-v6tY3QLdQBA7rwb4a7fK9mLpv)
- [Shkenca e të dhënave nga Rafalab](http://rafalab.github.io/pages/teaching.html)
Mos ngurroni t'i eksploroni këto burime dhe të mësoni të lumtur!
Referenca:
* Paketa fillestare e Bioinformatikës
